Изначально здание, которое сегодня выполняет функции церкви, являлось только кладбищенской часовней. Оно было построено в 1912 году по проекту архитектора Владимира Рудановского и предназначалась для конфессий, входивших в комитет по благоустройству кладбища: Евангелическо-лютеранской, Католической, Реформатской и Англиканской церквей.

В небольшом, прямоугольном здании вместили хоры для певчих, скамьи и нишу для органа. Перед часовней хотели устроить фонтан, но вместо него установили беломраморную фигуру Христа, держащего мраморный крест. Автором произведения был скульптор Р.Романелли, а заказчиками семейство Вогау.

Точных данных, когда была закрыта часовня, нет. Скорее всего это произошло в 1920-30-х годах. Скульптуру Христа в 1940-е гг. перевезли в Архитектурный музей, из которого она бесследно исчезла при переезде музея в 1990-е гг. После войны, в период активного восстановления города, в 50-60 годы, здание было полностью перепланировано в контору администрации кладбища. К концу 1980-х здание часовни пришло в неудовлетворительное состояние, что подтверждают кадры из художественного фильма «Смиренное кладбище» 1989 года.

В начале 1990-х годов был создан приход Церкви Ингрии в Москве, 1 января 1995 г. приход «Святая Троица» начал проводить регулярные богослужения в здании. Часовня становится полноценным храмом. Первым пастором прихода стал Олег Севастьянов, яркий и талантливый проповедник, именно он стал для многих людей первым в жизни душепопечителем. Но через некоторое время пастор Севастьянов был направлен на учебу в США и после завершения в другой приход лютеранской церкви. Реставрацию храма провели благодаря организации "Внешняя церковная помощь" и епархии Оулу Евангелическо-лютеранской церкви Финляндии. Освящение храма «Святая Троица» после реставрации состоялось 12 сентября 1999 г.

Освящение церкви Святой Троицы состоялось 12 сентября 1999 года. На нём присутствовали от объединённых приходов города Хельсинки пробст Пентти Симоеки, Пекка Хиетанен, Яри Репонен во главе с епископом Ээро Хуовиненом, Исто Пихкалой и Аарно Лахтиненом — руководителем Внешней церковной помощи Финляндии, осуществлявший связь между приходом и ЕЛЦФ, чрезвычайный и полномочный посол Финляндии в России Маркус Люра. От Московской Патриархии приехал протоиерей Всеволод Чаплин, от посольства Эстонии был советник посла господин Олави Ринне. Были представители Католической церкви и ЕЛКРАС. Освящение церкви провели епископ Ээро Хуовинен, пастор Сергей Прейман и асессор Церкви Ингрии пастор Кости Лайтинен. Пастор Джон Мейл и диакон Игорь Алисов и провели первое богослужение в полностью отреставрированной церкви.

В настоящее время богослужения проводятся регулярно каждое воскресенье в 12:00. В церкви служат два пастора: Игорь Алисов (настоятель прихода) и Андрей Юртаев. Регулярно проводятся занятия в воскресной школе и курс курс «ОСНОВЫ ХРИСТИАНСКОЙ ВЕРЫ».